在中区神经系统，尤其是在脊椎里，甘氨酸是- -一个抑制性神经递质。假如甘氨酸接受器被激活，氯离子通过离子接受器进入神经细胞导致抑制性突触后电位。马钱子碱是这些离子接受器的拮抗物。在鼠体内其LD50指标为0.96毫克/千克体重， 死因是兴奋性。在神经系统中甘氨酸与谷氨酸同是激动剂。

甘氨酸从整体上来看是极性分子(所有都是极性的)，它属于极性。这是因为判断-一个的极性的依据是其期R基的性质，而非整个分子。甘氨酸支链是一个氢原子把它归为烃链，属非极性。相似的，虽然其易溶于水，但属疏水。

基本知识甘氨酸是中枢神经及前列腺必需的氨基酸，它通过供应更多的肌酸，延缓肌肉的退化。甘氨酸会刺激糖原分解因素——胰高血糖素的分泌。胰高血糖素是胰脏。细胞所分泌的一种多肽激素，能促进糖原的分解而使血糖浓度增高。

功效其抑制作用有助于预防癫痫；治疗两极性忧郁症；治疗低血糖症；治疗进行性肌肉萎缩；治疗胃酸过多十分有效；治疗某些类型的酸血症；治疗因亮氨酸不均衡而产生难闻的体臭和口臭。